非农建设占用设施农用地的，应依法办理农用地转用审批手续，农业设施兴建之前为耕地的，非农建设单位还应依法履行耕地占补平衡义务。
（二）合理控制附属设施和配套设施用地规模。进行工厂化作物栽培的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模5%以内，但最多不超过10亩；规模化畜禽养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内（其中，规模化养牛、养羊的附属设施用地规模比例控制在10%以内），但最多不超过15亩；水产养殖的附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模7%以内，但最多不超过10亩。
根据规模化粮食生产需要合理确定配套设施用地规模。南方从事规模化粮食生产种植面积500亩、北方1000亩以内的，配套设施用地控制在3亩以内；超过上述种植面积规模的，配套设施用地可适当扩大，但最多不得超过10亩。
（三）引导设施建设合理选址。各地要依据农业发展规划和土地利用总体规划，在保护耕地、合理利用土地的前提下，积极引导设施农业和规模化粮食生产发展。
设施建设应尽量利用荒山荒坡、滩涂等未利用地和低效闲置的土地，不占或少占耕地。确需占用耕地的，应尽量占用劣质耕地，避免滥占优质耕地，同时通过耕作层土壤剥离利用等工程技术等措施，尽量减少对耕作层的破坏。
对于平原地区从事规模化粮食生产涉及的配套设施建设，选址确实难以安排在其他地类上、无法避开基本农田的，经县级国土资源主管部门会同农业部门组织论证确需占用的，可占用基本农田。占用基本农田的，必须按数量相等、质量相当的原则和有关要求予以补划。各类畜禽养殖、水产养殖、工厂化作物栽培等设施建设禁止占用基本农田。
（四）鼓励集中兴建公用设施。县级农业部门、国土资源主管部门应从本地实际出发，因地制宜引导和鼓励农业专业大户、家庭农场、农民合作社、农业企业在设施农业和规模化粮食生产发展过程中，相互联合或者与农村集体经济组织共同兴建粮食仓储烘干、晾晒场、农机库棚等设施，提高农业设施使用效率，促进土地节约集约利用。
三、规范设施农用地使用
从事设施农业建设的，应通过经营者与土地所有权人约定用地条件，并发挥乡级政府的管理作用，规范用地行为。
（一）签订用地协议。设施农用地使用前，经营者应拟定设施建设方案，内容包括：项目名称、建设地点、设施类型和用途、数量、标准和用地规模等，并与乡镇政府和农村集体经济组织协商土地使用年限、土地用途、土地复垦要求及时限、土地交还和违约责任等有关土地使用条件。
协商一致后，建设方案和土地使用条件通过乡镇、村组政务公开等形式向社会予以公告，公告时间不少于10天；公告期结束无异议的，乡镇政府、农村集体经济组织和经营者三方签订用地协议。
涉及土地承包经营权流转的，经营者应依法先行与承包农户签订流转合同，征得承包农户同意。
（二）用地协议备案。用地协议签订后，乡镇政府应按要求及时将用地协议与设施建设方案报县级国土资源主管部门和农业部门备案，不符合设施农用地有关规定的不得动工建设。
县级国土资源主管部门和农业部门应依据职能及时核实备案信息。发现存在选址不合理、附属设施用地和配套设施用地超过规定面积、缺少土地复垦协议内容，以及将非农建设用地以设施农用地名义备案等问题的；项目设立不符合当地农业发展规划布局、建设内容不符合设施农业经营和规模化粮食生产要求、附属设施和配套设施建设不符合有关技术标准，以及土地承包经营权流转不符合有关规定的，分别由国土资源主管部门和农业部门在15个工作日内，告知乡镇政府、农村集体经济组织及经营者，由乡镇政府督促纠正。
对于国有农场的农业设施建设与用地，可由省级国土资源主管部门会同农业部门及有关部门根据本通知规定，制定具体实施办法。
四、加强设施农用地服务与监管
（一）主动公开设施农用地建设与管理有关政策规定。通过政府或部门网站及其他形式，国土资源主管部门主动公开设施农用地分类与用地规模标准、相关土地利用总体规划、基本农田保护、土地复垦、用地协议签订与备案等有关规定要求；
农业部门主动公开行业发展政策与规划、设施类型和建设标准、农业环境保护、疫病防控等相关规定要求，以便设施农业经营者查询与了解有关政策规定。在设施农业建设过程中，国土资源主管部门和农业部门应主动服务、加强指导，及时解决出现的问题，促进设施农业健康发展。
（二）加强设施农用地监管。县级国土资源主管部门、农业部门和乡镇政府都应将设施农用地纳入日常管理，加强监督，建立制度，分工合作，形成联动工作机制。
市、县国土资源主管部门要加强设施农用地的实施跟踪，监督设施农用地的土地利用和土地复垦，及时做好土地变更调查登记和台帐管理工作；县级农业部门加强设施农业建设和经营行为的日常监管，做好土地流转管理和服务工作；乡镇政府负责监督经营者按照协议约定具体实施农业设施建设，落实土地复垦责任，并组织农村集体经济组织做好土地承包合同变更。
省级国土资源主管部门和农业部门应建立设施农用地信息报备制度，全面掌握本区域内设施农用地和设施农业的情况和发展趋势，及时准确地开展土地变更调查设施农用地核实工作。不定期组织开展专项检查，发现苗头性、倾向性问题，及时研究解决，将有关情况报国土资源部和农业部。
（三）严格设施农用地执法。从事设施农业和规模化粮食生产的，经营者必须按照协议约定使用土地，确保农地农用。设施农用地不得改变土地用途，禁止擅自或变相将设施农用地用于其他非农建设；不得超过用地标准，禁止擅自扩大设施用地规模或通过分次申报用地变相扩大设施用地规模；不得改变直接从事或服务于农业生产的设施性质，禁止擅自将设施用于其他经营。
县级国土资源主管部门和农业部门要依据职能加强日常执法巡查，对不符合规定要求开展设施建设和使用土地的，做到早发现、早制止、早报告、早查处。对于擅自或变相将设施农用地用于其他非农建设的，应依法依规严肃查处；擅自扩大附属设施用地规模或通过分次申报用地变相扩大设施用地规模，擅自改变农业生产设施性质用于其他经营的，应及时制止、责令限期纠正，并依法依规追究有关人员责任。
省市国土资源主管部门和农业部门要加强对基层国土资源主管部门和农业部门执法行为的监管，对有案不查、执法不严的，要坚决予以纠正。今后，设施农用地使用和管理情况纳入省级政府耕地保护责任目标内容，国土资源部、农业部每年将会同有关部门开展检查和考核。
各省（区、市）国土资源主管部门和农业部门要高度重视设施农用地管理工作，按照本通知的规定要求，进一步完善实施办法和有关规定要求，切实加强和规范设施农用地管理。本《通知》下发后，国土资源部、农业部《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（国土资发[2010]155号）停止执行。
本通知有效期为五年。